赛武当自然保护区管理局内设5个职能科室、1个科研所和7个保护站
    办公室：承担局机关重要政务、事务的综合协调与督办工作；负责文件运转、综合性会议的组织；负责文电处理、秘书事务、信息综合、机要档案、人事劳动、信访接待、机关后勤的管理工作；负责税收征管、机关财务管理工作，保留财政所的牌子。
    资源保护科：负责宣传、贯彻有关自然保护的法律、法规和方针、政策，研究拟定保护自然环境和自然资源的各项管理制度；负责自然资源的日常巡查管护和自然环境的保护，防治病虫害，防止发生乱砍滥伐、狩猎捕捞、开垦烧荒等破坏性活动；负责保护区内动植物资源保护管理工作。
    规划发展科：负责保护区内各类项目的编制、包装、申报、实施和招商引资工作；负责保护区内基础设施的建设、维护、管理工作；负责开发、利用各类自然资源与人文景观的规划设计、建设管理和旅游工作。
    社会事务科：负责农业农村经济发展工作；负责计划生育、群团组织、党建、精神文明建设、科教文卫等各项社会事业工作。
    公安消防科：负责社会治安综合治理工作，维护保护区内治安秩序；负责森林防火、火灾扑救的组织以及查处非法砍伐、开垦、烧荒等林政案件工作。
    科研所：负责保护区内野生动物的科学研究、监测；负责濒危动植物救护、繁育；负责保护区自然环境监测；负责组织开展科学观测、试验和科技应用、推广、交流、合作，以及科研成果申报、鉴定工作。
    保护站：负责有关自然资源保护的宣传、教育；开展野生动植物资源保护、森林防火、森林病虫害防治等工作；负责自然资源的日常巡查管护和自然环境的监测保护；受保护区管理局委托负责管理社会事务；落实保护区管理局的各项决定。